Episódios
1. Último Sobrevivente
23 de set. de 2008 44m 7.5O assassinato de um oficial da marinha leva Gibbs a descobrir uma ligação chocante entre o caso e a decisão do diretor Vance de dispersar sua equipe.
2. Agente a Bordo
30 de set. de 2008 43m 7.7DiNozzo descobre que o aparente suicídio de um tenente da Marinha pode estar conectado a um esquema mortal muito maior.
3. Crise em Washington
7 de out. de 2008 44m 6.5A equipe NCIS se envolve no mundo da política de Washington quando um distinto senador pede ajuda a Gibbs para resolver o assassinato de uma jovem oficial da Marinha.
4. Segredos de Família
14 de out. de 2008 44m 8.3Depois que dois fuzileiros navais enfrentam uma emboscada, a investigação leva a equipe à cidade natal de Gibbs, onde segredos do passado dele são revelados.
5. Sete Vidas
21 de out. de 2008 43m 6.8A caça ao assassino de um fuzileiro naval coloca Gibbs em rota de colisão com um velho amigo, o agente do FBI Fornell.
6. Assassinato 2.0
28 de out. de 2008 44m 7.5Durante a semana do Halloween, um psicopata provoca a equipe usando a Internet para deixar pistas sobre a identidade da próxima vítima.
7. Efeito Colateral
11 de nov. de 2008 43m 7.3Gibbs questiona o próprio julgamento quando Vance designa um novato para ajudar na investigação de um assalto a banco.
8. Capa
18 de nov. de 2008 44m 7.6Uma revelação chocante vem à tona depois que a equipe é forçada a entrar em um perigoso jogo de guerra.
9. Espada
25 de nov. de 2008 44m 8.0A equipe deve confiar em alguns indivíduos questionáveis para impedir um criminoso de roubar informações secretas do governo.
10. Rota da Morte
2 de dez. de 2008 44m 6.2Depois que um suboficial morre em um acidente de carro, a equipe suspeita de crime quando a investigação os leva ao violento mundo das lutas de rua.
11. Noite Silenciosa
16 de dez. de 2008 44m 8.0Enquanto trabalha em um caso no Natal, a equipe procura um suspeito, que estaria morto, e começa a descobrir revelações pessoais surpreendentes.
12. Enjaulado
6 de jan. de 2009 44m 8.1McGee é mantido em cativeiro em uma prisão feminina depois que o assassinato de um guarda faz explodir uma rebelião.
13. Pássaro Ferido
13 de jan. de 2009 44m 7.9Depois que Ducky é esfaqueado na cena do crime, a equipe descobre segredos perturbadores do passado do médico.
14. Amor e Guerra
27 de jan. de 2009 44m 7.6A vida privada de um sargento morto fica em evidência, quando a equipe tenta descobrir se uma suposta traição levou à morte dele.
15. Mensagem do Passado
10 de fev. de 2009 44m 7.3Enquanto investiga a morte de um fuzileiro naval, a equipe se vê envolvida em uma guerra de gangues.
16. Retorno
17 de fev. de 2009 44m 7.9Gibbs e DiNozzo invertem os papéis depois que um assassinato faz com que uma das antigas investigações de Tony seja reaberta.
17. Viagem ao Deserto
24 de fev. de 2009 44m 8.2A morte de um agente do NCIS leva Gibbs e Tony ao deserto para localizar uma mulher que detém a resposta para o mistério.
18. Nocaute
17 de mar. de 2009 44m 8.0A morte de um boxeador leva Vance a iniciar a própria investigação, causando uma disputa com Gibbs.
19. Pique-esconde
24 de mar. de 2009 44m 7.3Quando um menino encontra a arma de um crime, a equipe deve descobrir quem é o dono, quem a usou pela última vez e quem foi assassinado.
20. Calculando a Morte
31 de mar. de 2009 44m 7.6Gibbs e a equipe devem trabalhar com o sombrio Trent Kort para encontrar um dos criminosos mais procurados do NCIS.
21. Tóxico
7 de abr. de 2009 44m 7.0Quando um cientista do governo desaparece, Abby é recrutada para continuar o trabalho, mas a equipe teme que ela possa ter o mesmo destino de seu antecessor.
22. A Lenda - Parte 1
28 de abr. de 2009 43m 7.5O corpo de um fuzileiro naval leva Gibbs e McGee à divisão do NCIS em Los Angeles, onde uma investigação rapidamente se transforma em uma questão de segurança nacional.
23. A Lenda - Parte 2
5 de mai. de 2009 44m 7.4Tony questiona a lealdade de Ziva. Em Los Angeles, Callen tenta capturar uma célula terrorista, enquanto Nate Getz descobre a verdade sobre o relacionamento de Gibbs e Lara Macy.
24. Sempre Fiel
12 de mai. de 2009 43m 7.5Gibbs e a equipe são forçados a trabalhar em conjunto com o ICE e o FBI. Enquanto isso, Tony finalmente fica cara a cara com Michael Rivkin.
25. Aliyah
19 de mai. de 2009 44m 7.9O retorno de Ziva a Israel com Gibbs e a equipe não é dos mais tranquilos. À medida que as tensões aumentam, Gibbs é forçado a tomar uma decisão com duras consequências.