Episódios
1. Shalom
19 de set. de 2006 44m 8.2A equipe do NCIS deve aprender a trabalhar sem Gibbs, quando Ziva é procurada pelo FBI depois de testemunhar um assassinato político.
2. O Fugitivo
26 de set. de 2006 43m 8.0Gibbs é reintegrado temporariamente ao NCIS quando a vida de um amigo é ameaçada por um fugitivo.
3. A Escolhida
3 de out. de 2006 44m 7.5A equipe NCIS é chamada para investigar um carro abandonado e ensanguentado registrado em nome de um tenente da Marinha desaparecido.
4. O Disfarce
10 de out. de 2006 44m 7.4Gibbs e a equipe investigam quando o corpo de um suboficial é encontrado baleado à queima-roupa dentro de um carro.
5. Morto e Desenterrado
17 de out. de 2006 44m 6.6Um agente imobiliário descobre um corpo em decomposição de um fuzileiro naval, desaparecido há seis meses. Gibbs e a equipe descobrem que ele tinha três noivas.
6. Dia das Bruxas
31 de out. de 2006 44m 7.3Gibbs e a equipe NCIS investigam quando um fuzileiro naval é atacado em casa e sua filha é aparentemente sequestrada na noite de Halloween.
7. Explosão de Areia
7 de nov. de 2006 42m 7.8Gibbs e a equipe investigam uma suspeita de ataque terrorista em um clube de campo militar que mata um coronel da Marinha.
8. Herói do Passado
14 de nov. de 2006 44m 7.4Quando atividades suspeitas cercam a morte de um condecorado veterano da Marinha, a equipe do NCIS trabalha para limpar seu nome.
9. Em Socorro de Uma Irmã
21 de nov. de 2006 44m 7.6McGee arrisca a carreira ao resolver o problema por conta própria, depois que sua irmã aparece na sua porta ensanguentada e confusa.
10. Um Corpo Queimado
28 de nov. de 2006 44m 8.0A equipe NCIS é chamada quando o corpo queimado e mumificado de um homem é encontrado em uma fornalha em uma base da Marinha.
11. Morte Misteriosa
12 de dez. de 2006 43m 7.5A equipe do NCIS investiga a morte de um tenente da Marinha que trabalhava em um projeto de alto nível para o Departamento de Defesa.
12. Sob Suspeita
16 de jan. de 2007 44m 7.7A equipe NCIS investiga quando um oficial de alto nível da inteligência da Marinha é encontrado morto em um quarto de motel de uma pequena cidade.
13. O Retorno de Sharif
23 de jan. de 2007 44m 7.6A equipe NCIS deve rastrear um terrorista, que usou uma arma química altamente tóxica.
14. Dano Colateral
6 de fev. de 2007 44m 7.6Ducky sai da sala de autópsia e se disfarça para impedir a venda ilegal de armas ultrassecretas da Marinha.
15. Amigos e Amantes
13 de fev. de 2007 44m 7.5A equipe NCIS investiga quando o corpo de um jovem marinheiro é encontrado em um prédio abandonado em uma parte decadente da cidade.
16. Morto-vivo
20 de fev. de 2007 44m 8.0A equipe NCIS suspeita de crime quando um tenente da Marinha é vítima de envenenamento por radiação.
17. Esqueletos
27 de fev. de 2007 44m 7.3Gibbs e a equipe procuram um possível serial killer, quando uma explosão em um mausoléu do cemitério militar revela um depósito de restos humanos desmembrados.
18. Homem de Gelo
20 de mar. de 2007 44m 7.7Com um jovem fuzileiro naval à beira da morte, a equipe do NCIS rastreia seus movimentos anteriores e descobre uma viagem secreta a Bagdá e uma ligação com o passado de Gibbs.
19. Trabalho em Conjunto
3 de abr. de 2007 44m 8.2O NCIS descobre que uma dica sobre uma atividade terrorista era uma armadilha que resultou na morte de dois agentes. Sentindo-se culpada, Cassidy quer achar os responsáveis.
20. Ficção ou Realidade
10 de abr. de 2007 44m 7.1McGee fica horrorizado quando um suboficial, que inspirou um personagem no seu último livro, é assassinado. A equipe tenta descobrir, então, quem teria acessado o manuscrito.
21. Perdendo um Informante
24 de abr. de 2007 44m 7.4O diretor Shepard concorda em encontrar um informante sozinho, mas a reunião dá errado e seu contato é morto. Gibbs e a equipe tentam descobrir quais dicas o homem iria fornecer.
22. No Escuro
1 de mai. de 2007 44m 6.7Com poucas evidências, a equipe recorre a Scott para recriar a cena do crime usando seus sentidos aguçados de audição e olfato. Tony e Gibbs lutam com relacionamentos pessoais.
23. Cavalo de Troia
8 de mai. de 2007 44m 7.1Gibbs ignora a papelada burocrática associada à sua nova função e lidera uma investigação. Enquanto isso, Jenny descobre um segredo do passado.
24. O Anjo da Morte
22 de mai. de 2007 44m 7.7Enquanto o diretor do NCIS volta de uma polêmica viagem e Gibbs e os agentes se preparam relutantemente para os testes da Segurança Interna, segredos da equipe são desvendados.