Odcinki
1. Shalom
19 wrz 2006 44m 8.2Podczas dojazdu do pracy Ziva jest świadkiem eksplozji. Wśród zamachowców rozpoznaje byłego współpracownika z Izraela. W zaistniałej sytuacji nie mogąc zwrócić się bezpośrednio o pomoc do kolegów z NCIS, Ziva kontaktuje się z Gibbsem, który ostatnio przebywa w Meksyku od czasu zrezygnowania z pracy.
2. Ocalony
26 wrz 2006 43m 8.0Były marines oskarżony o napad na bank ucieka z więzienia. Grożąc zabiciem córki agenta Tobiasa Fornella domaga się od służb ponownego otwarcia swojej sprawy w celu odnalezienia prawdziwego sprawcy. W tej sytuacji agent specjalny Gibbs powraca do czynnej służby w NCIS.
3. Polowanie
3 paź 2006 44m 7.5Młoda porucznik marynarki zajmująca się szyfrowaniem wiadomości zostaje porwana. Sprawę przejmuje NCIS,i aby odnaleźć porwaną Gibbs decyduje się wysłać Zivę w misję pod przykrywką. Wkrótce okazuje się, iż sprawa zaginięcia jest znacznie bardziej skomplikowana niż się na początku wydawało.
4. Zdrajca
10 paź 2006 44m 7.4Podczas rutynowej kontroli policjanci z drogówki zatrzymują kierowcę rozmawiającego przez telefon. Wkrótce odnajdują w aucie broń, z której niedawno strzelano. Jak się potem okazuje, kierowca jest tajnym agentem pracującym dla służb specjalnych. Prowadząc śledztwo Gibbs prosi Mike'a Franksa o pomoc.
5. Człowiek niepogrzebany
17 paź 2006 44m 6.6Odnaleziono ciało kaprala w nowym domu. Prowadzone śledztwo przez zespół Gibbsa dowodzi, że żołnierz został pochowany w przydomowym ogródku, po czym ekshumowany i ukryty w podłodze nowego domu. Jak się potem okazuje, zmarły miał dwie narzeczone.
6. Polowanie na czarownice
31 paź 2006 44m 7.3W święto Halloween ktoś porywa córkę oficera marynarki, a on sam zostaje zaatakowany we własnym domu. W toku śledztwa agenci NCIS dowiadują się, że mężczyzna jest po rozwodzie z orzeczeniem o winie żony, dlatego postanawiają się skupić na jej ekspartnerze.
7. W ostatniej chwili
7 lis 2006 42m 7.8W wybuchu, do którego dochodzi w należącym do armii country clubie, ginie pułkownik marynarki. Agenci NCIS dochodzą do wniosku, że zamach był dziełem terrorystów, a w śledztwie pomaga im wojskowe biuro śledcze. CIA daje im wskazówkę prowadzącą prosto do opuszczonego magazynu, który okazuje się pułapką.
8. Bohater
14 lis 2006 44m 7.4Agenci NCIS muszą rozwikłać niesłychanie delikatną sprawę - śmierć byłego oficera marynarki, którego ciało znaleziono w pokoju hotelowym. Śledztwo wskazuje, że nie było to samobójstwo, a mężczyzna był bezdomny. Na jaw wychodzą także różne kompromitujące fakty dotyczące jego życia, ale Gibbs chce koniecznie dowieść jego niewinności.
9. Siostrzyczka
21 lis 2006 44m 7.6Agent McGee łamie zasady i ryzykuje karierę, usiłując pomóc swojej siostrze, Sarze, która przychodzi do niego zszokowana i zakrwawiona. Podczas gdy on próbuje dojść, co zaszło, agenci NCIS pracują nad sprawą zabójstwa marynarza, który był bliskim znajomym Sary.
10. Nieuchwytny
28 lis 2006 44m 8.0W budynku mieszczącym się na terenie bazy marynarki ekipa remontowa odkrywa ciało człowieka umieszczone w przewodzie kominowym. Wezwani na miejsce agenci szybko identyfikują ciało i okazuje się, że to zwłoki poszukiwanego od wielu lat seryjnego mordercy. Szybko pojawia się na miejscu agent FBI Fornell z zamiarem przejęcia sprawy...
11. Automat
12 gru 2006 43m 7.5Por. Roni Seabrook jest naukowcem zajmującym się zagadnieniami sztucznej inteligencji. Pewnego dnia testując prototyp samochodu sterowanego przez robota ginie pod wpływem zatrucia spalinami. Choć dowody wskazują na samobójstwo, to agent specjalny Gibbs nie jest do tego przekonany...
12. Podejrzenie
16 sty 2007 44m 7.7W pewnym małym przydrożnym motelu zostaje znalezione ciało młodej oficerki wywiadu, która miała dostęp do wielu tajnych projektów. Po przybyciu na miejsce Gibbs wraz z zespołem postanawia rozwiązać zagadkę jej śmierci mimo, iż lokalni policjanci zamknęli już sprawę. Wkrótce w jednym z domów agenci znajdują materiały do budowy bomby i zaczynają przypuszczać że w sprawę mogą być zamieszani terroryści.
13. Powrót Sharifa
23 sty 2007 44m 7.6Poszukiwany na całym świecie terrorysta, Mamoun Sharif, zdobył najnowocześniejszą broń chemiczną i grozi atakiem na największe miasta w USA. W wyścigu z czasem Agenci NCIS muszą ustalić miejsce jego pobytu, aby zapobiec katastrofalnemu skażeniu środowiska.
14. Nieprzewidziane konsekwencje
6 lut 2007 44m 7.6Tajna akcja zlecona przez dyrektorkę Jenny Shepard w końcu przynosi efekty. Dzięki wysiłkom Tony'ego Jenny w końcu wpada na trop poszukiwanego przez lata podejrzanego, jednak aby go schwytać musi wciągnąć do swojego planu Ducky'ego i cały zespół Gibbsa.
15. Przyjaciele i kochankowie
13 lut 2007 44m 7.5W opuszczonym budynku znalezione zostają zwłoki młodego marynarza. Z początku Agenci NCIS, podobnie jak policja, podejrzewają, że ofiara przedawkowała narkotyki, jednak dowód znaleziony na miejscu przestępstwa wskazuje na to, że było to morderstwo.
16. O mały włos
20 lut 2007 44m 8.0Porucznik marynarki zostaje skażony promieniowaniem radioaktywnym. Gibbs musi współpracować z Międzynarodowymi Ekspertami ds. Energii Atomowej. Aby wykryć sabotaż, agenci muszą ustalić, w którym momencie doszło do skażenia.
17. Szkielety
27 lut 2007 44m 7.3Eksplozja na wojskowym cmentarzu ujawnia kryptę pełną ludzkich szczątków. Agenci NSCI muszą nie tylko poinformować krewnych zmarłych, aby znaleźć powiązania między ofiarami, ale także zawęzić listę osób podejrzanych o tę wynaturzoną zbrodnię.
18. Zabójca
20 mar 2007 44m 7.7Dr Donald "Ducky" Mallard przeprowadza w budynku NCIS rutynową autopsję mężczyzny. Jednak dostaje niemal ataku serca, kiedy to "pacjent" ze stwierdzonym zgonem nagle wstaje ze stołu. Gibbs prowadząc sprawę odkrywa, że mężczyzna jest powiązany z jego starym przyjacielem.
19. Druga szansa
3 kwi 2007 44m 8.2Kiedy weekendowy telefon od nieznanego informatora w sprawie możliwego ataku terrorystycznego kończy się śmiercią dwóch agentów wpędzonych w pułapkę, ekipa NCIS musi dowiedzieć się, kto jest za to odpowiedzialny. Pomaga im agentka Paula Cassidy, która samą siebie obwinia za zaistniałą tragedię.
20. Historia jak z książki
10 kwi 2007 44m 7.1Zespół Gibbsa rozwiązuje kolejną sprawę, w której ofiarą jest żołnierz piechoty morskiej. Tymczasem McGee jest przerażony gdy orientuje się, że sprawa jest identyczna z historią, którą opisał w swojej nieukończonej jeszcze powieści.
21. Towarzysze broni
24 kwi 2007 44m 7.4Dyrektor Shepard popełnia ogromny błąd, spotykając się sam na sam z mężczyzną, który ma udzielić jej informacji na temat La Grenouille’a. Ich spotkanie kończy się zabójstwem informatora. Ekipa NCIS musi teraz zdobyć wszystkie informacje i w końcu dopaść ich wroga.
22. W ciemności
1 maj 2007 44m 6.7Niewidomy fotograf przypadkowo uwiecznia na jednym ze swoich zdjęć martwego marynarza. Wezwany na miejsce Gibbs wraz ze swoim zespołem rozpoczyna zagadkowe śledztwo próbując dotrzeć do znajomych fotografa.
23. Koń trojański
8 maj 2007 44m 7.1Kiedy dyrektorka Jenny Shepard wyjeżdża z miasta na prowincję, Gibbs przejmuje jej obowiązki. Mimo szczerych chęci ciężko jest mu grać powierzoną rolę, toteż ciągle kieruje pracą jego zespołu wyjaśniając zagadkę śmierci człowieka, który chciał się z nim spotkać.
24. Anioł śmierci
22 maj 2007 44m 7.7Kiedy Jenny wraca z wycieczki po Europie, cała ekipa NCIS zostaje poddana badaniu wykrywaczem kłamstw przez Wydział Bezpieczeństwa Wewnętrznego. Najgłębiej skrywane sekrety każdego z agentów mogą zostać ujawnione.