The team faces chilling cases, including a cannibalistic serial killer that hits too close to home. Loyalties are tested as the line between the professional and personal begins to blur.
Odcinki
1. Syn wdowy w przedniej szybie
25 wrz 2007 44m 8.0W premierowym odcinku sezonu trzeciego czaszka wbija się w przednią szybę samochodu nastolatków. Podczas oględzin czaszki Brennan i Cam znajdują ślady ludzkich zębów, które wskazują na kanibalizm. Dane ofiary pomagają Bones i Boothowi iść dalej i znaleźć dziwną kanibalistyczną społeczność. W międzyczasie Angela i Hodgins zatrudniają prywatnego detektywa, by znalazł męża dziewczyny. Zack wraca do instytutu z Iraku, pomaga znaleźć dowody mogące ułatwić rozwiązanie sprawy.
2. Piłkarska mama w mini vanie
2 paź 2007 43m 7.8Brennan i Booth prowadzą dochodzenie w sprawie śmierci mamy młodej piłkarki. Kobieta zginęła w wybuchu, zapalając samochód. Dziwne jest to, że ktoś chciał zabić spokojną kurę domową. Wkrótce odkrywają, kim była zamordowana – June była członkiem radykalnej organizacji z lat 70., o nazwie Narodowa Armia Wolności. Była też poszukiwana przez FBI, by zeznawała w sprawie morderstwa, co dało motyw mordercy. W międzyczasie Brennan odwiedza ojca w więzieniu.
3. Śmierć w siodle
9 paź 2007 43m 7.7Ekipa bada sprawę rozkładających się zwłok, które znaleziono w lesie. Są pozbawione rąk i stóp.
4. Tajemnica w glebie
23 paź 2007 44m 8.0Booth i Brennan oglądają rozkładające się zwłoki, znalezione przez parę nastolatków. Okazuje się, że ofiarą jest Franklin Curtis, który zajmował się organiczną żywnością. Brennan odkrywa, że ciało mężczyzny zostało wcześniej ugotowane. Booth i Brennan przepytują ludzi na farmie Curtisa. Wkrótce zostaje znalezione kolejne ciało. W międzyczasie Booth i Brennan zaczynają chodzić na terapię partnerską.
5. Mumia w labiryncie
30 paź 2007 44m 8.4W trakcie zabawy halloweenowej zostają znalezione zmumifikowane zwłoki dziewczyny. Booth i Brennan prowadzą śledztwo i są zszokowani tym, że ofiara była martwa już od roku. Wszystko to czyni sprawę jeszcze okropniejszą. Drugie ciało zostaje znalezione w halloweenowym parku rozrywki. Tym razem ofiara nie żyje już dwa lata. Booth i Brennan muszą znaleźć kolejną dziewczynę, zanim morderca zabije i ją.
6. Stażysta w piecu
6 lis 2007 44m 8.0W piecu instytutu zostają znalezione szczątki. Podejrzenie spada na pracowników Jeffersonian. Pierwszym motywem wydaje się praca ofiary z artefaktami Gormogona. Jednak sprawa jest bardziej skomplikowana, gdy wychodzi na jaw uczuciowy związek między pracownikami instytutu. Booth musi udawać chłopaka Cam na obiedzie u jej rodziny.
7. Chłopak w kapsule czasu
13 lis 2007 44m 7.2Kapsuła czasu, zakopana w 1987 roku, zostaje wykopana po 20 latach. Wszyscy są zszokowani, gdy wewnątrz odnajdują zwłoki. Booth i Brennan dowiadują się, że ofiara była outsiderem i uczniem szkoły. Muszą cofnąć się do przeszłości absolwentów, by znaleźć mordercę.
8. Rycerz na kracie
20 lis 2007 43m 8.2Zostaje znalezione ciało arcybiskupa. Jego rzepki kolanowe zostały chirurgicznie usunięte. Wszystko wskazuje na powrót Gormogona.
9. Święty Mikołaj w brei
27 lis 2007 44m 8.4Booth i Brennan badają sprawę św. Mikołaja, nazwiskiem Kris Kringle, który został znaleziony martwy przez dwa elfy. W ciągu śledztwa Mikołaj wydaje się coraz bardziej prawdziwy. W międzyczasie Bones stara się załatwić ojcu i bratu rodzinne święta w więzieniu. Prokurator Caroline zgadza się pod warunkiem, że Booth i Brennan pocałują się pod jemiołą, w usta.
10. Mężczyzna w błocie
14 kwi 2008 43m 6.9Ciało zostaje odkryte w Homestead Natural Hot Springs w błotnistym źródle. Booth i Brennan badają sprawę i dowiadują się, że ofiarą był Tripp Goddard, przystojny kierowca motocyklowy, który został zamordowany około dwóch tygodni wcześniej, po wyścigu. Pojawia się dziewczyna Sweetsa.
11. Gracz pod presją
21 kwi 2008 44m 7.8Cała ekipa pracuje nad identyfikacją szczątków młodego sportowca. Po identyfikacji Booth i Bones rozmawiają z siostrą ofiary. Angela i Hodgins przeprowadzają poważną rozmowę. Zack poświęca całą swoją uwagę rekonstrukcji połamanego szkieletu.
12. Niemowlę na gałęzi
28 kwi 2008 44m 8.3Samochód młodej kobiety zjeżdża z drogi. Dziewczyna ginie, ale jej dziecko cudem przeżywa. Booth i Brennan jadą do rodzinnego miasta dziewczyny, by dowiedzieć się, kto jest winny jej śmierci. Bones, z pomocą Bootha, zajmuje się dzieckiem aż do wyjaśnienia sprawy.
13. Werdykt w opowieści
5 maj 2008 43m 8.5Ojciec Brennan, Max Keenan, jest sądzony za morderstwo dyrektora FBI, Kirby'ego. Cały zespół, oprócz dr Brennan, jest wzywany na świadków oskarżenia. Brennan wspiera obronę i musi wykorzystać wszystkie sposoby, by pomóc ojcu.
14. Aspirujący piosenkarz w trawie
12 maj 2008 43m 8.3Tommy Sour, marzący o karierze piosenkarza, zostaje znaleziony martwy. Śledztwo doprowadza Bootha i Brennan do Checker Box Restaurant, gdzie Tommy śpiewał. Pojawia się kilku podejrzanych. Bones prezentuje swoje umiejętności wokalne przed całą ekipą, jednak występ przerywa dramatyczne wydarzenie. Szalona kobieta, zakochana w Boothie, strzela do Brennan. Booth ratuje życie Bones, kula trafia go w klatkę piersiową.
15. Ból w sercu
19 maj 2008 43m 8.1Gormogon, seryjny zabójca, powraca. Z instytutu znika srebrny szkielet. Wszyscy pracownicy są podejrzani. Ktoś z nich współpracuje z Gormogonem.