The team faces chilling cases, including a cannibalistic serial killer that hits too close to home. Loyalties are tested as the line between the professional and personal begins to blur.
Episodi
1. Un collega insostituibile
25 set 2007 44m 8.0Un teschio viene lanciato da un cavalcavia e si schianta sul parabrezza di un'auto: Booth convince Bones a tornare a investigare sul campo con lui, visto che da tre mesi rimaneva chiusa in laboratorio per coprire i turni di Zack, partito per l'Iraq, che lei non riesce a sostituire.
2. Un mondo più giusto
2 ott 2007 43m 7.8L'omicidio improvviso di una madre di famiglia è uno spunto inaspettato per spingere Bones a rivalutare il suo rapporto con il padre e le intenzioni di lui nei suoi confronti. Booth, seguendo le indagini, scopre che l'omicidio è l'ultimo strascico di un caso aperto ben 3 anni prima e di cui si era occupato il suo mentore.
3. Amore sbagliato
9 ott 2007 43m 7.7Il team indaga su un omicidio nel torbido mondo del sesso fetish.
4. Il segreto del suolo
23 ott 2007 44m 8.0Il team scava per risalire all'omicidio di un contadino.
5. La mummia nel Labirinto
30 ott 2007 44m 8.4In un parco dei divertimenti, all'interno di una delle attrazioni, viene trovata una mummia che purtroppo non è un fantoccio, ma un vero cadavere. Gli eventi si svolgono a ridosso della notte di Halloween e il gruppo di lavoro del Jeffersonian, che la sera sarà impegnato in una festa di rappresentanza, si trova a gestire l'indagine in abiti e situazioni fumettistiche.
6. Chiunque ma non uno di noi
6 nov 2007 44m 8.0In un inceneritore vengono scoperti i resti di una ragazza interna dell'istituto. Si incomincia ad indagare e tutti vorrebbero affibbiare il delitto al serial killer ma Booth lo esclude a priori e lentamente emergerà una torbida storia di amore, prestigio e contrabbando. Bones è amareggiata nello scoprire che l'assassino è proprio uno degli scienziati del Jeffersonian.
7. Il ragazzo nella Capsula del Tempo
13 nov 2007 44m 7.2Il team indaga sul ritrovamento di un corpo in una capsula del tempo in un liceo.
8. I Cavalieri di Colombo
20 nov 2007 43m 8.2La lotta al "figlio della vedova" continua.
9. Un Babbo Natale insanguinato
27 nov 2007 44m 8.4Il team investiga sulla morte di un babbo natale.
10. L'uomo nel fango
14 apr 2008 43m 6.9I resti di un pilota di moto sono trovati in una sorgente termale. Il team cerca il killer.
11. Lo sport fa male
21 apr 2008 44m 7.8Booth e Bones indagano sul corpo trovato nel retro delle tribune di un campo da Basket. Il cadavere si rivelerà essere di un giocatore della squadra della scuola, rimasto impantanato in una complessa situazione fatta di steroidi, di cheerleader e di gelosia paterna. Bones non ha una buona opinione generale degli sportivi e Booth approfitterà della situazione per farla ricredere.
12. Ricominciare da un ponte
28 apr 2008 44m 8.3Booth e Brennan indagano sulla scena del ritrovamento di un'automobile uscita di strada. Il corpo della vittima è stato deliberatamente incediato per evitarne il riconoscimento.
13. L'uomo nero
5 mag 2008 43m 8.5Mentre Booth e Bones si apprestano a iniziare una nuova indagine, Caroline va a informarli che sta per iniziare il processo per omicidio a carico di Max, il padre di Temperance. Durante il processo, per accusa e difesa ci saranno alti e bassi : la giuria ha bisogno di un « uomo nero » da incolpare per l'omicidio e quello nero, potrebbe darglielo proprio Bones.
14. Voglia di cantare
12 mag 2008 43m 8.3Brennan e Booth investigano su'omicidio di un giovane aspirante cantante il cui corpo è stato rinvenuto sul margine di una strada di campagna.
15. L'ultimo discepolo
19 mag 2008 43m 8.1Al Jeffersonian viene ritrovato un osso mascellare umano. Brennan e il team capiscono al volo che il serial killer Gormogon ha colpito ancora.